之前，陈老湿整理了2021年第一季度国内单位发表并引用Octet数据的文章。在这100多篇文章中，每篇文章都有独到之处，创新满满。我们将从研究成果的意义、数据丰富程度、实验设计方案、数据质量以及研究创意等几个方面评选出各自的优胜者。
 

“最有意义成果奖”
成都三叶草/新冠病毒疫苗研发

 

成都三叶草生物技术有限公司应用trimer-tag专利技术，可以构建稳定的S蛋白三聚体（天然的S蛋白就是以三聚体形式存在，S-trimer）作为疫苗，并由GSK提供疫苗佐剂AS03和CpG 1018。该疫苗项目当前已经进入II期临床试验。与同是重组亚单位疫苗的NVX-CoV2373疫苗一样，其产生的抗体滴度非常高。赛多利斯公司的Octet分子互作系统主要被用来检测S trimer与受体ACE2的结合亲和力，以及后续的疫苗QC放行。
 

将Fc-ACE2固化在proteinA传感器上，然后和不同浓度的S-trimer进行结合解离，两者的结合亲和力约为1.33 nM。

-参考文献-
S-Trimer, a COVID-19 subunit vaccine candidate, induces protective immunity in nonhuman primates.JG Liang, D Su, TZ Song, Y Zeng, W Huang… - Nature …, 2021 - nature.com
 

“数据最丰富奖”

中科院分子植物科学卓越创新中心，杜嘉木课题组

有花植物通过感知多种环境和内部信号来诱导成花转变，从而起始生殖生长周期。CO是一个光周期开花调控途径的主要转录调控因子，其通过整合上游信号，激活成花基因FT的表达。

科研人员应用Octet互作实验发现，CO通过CCT-NF-YB/YC结构域对于潜在CO在FT启动子区的顺式作用元件靶点CORE1、CORE2、P1、P2（DNA序列）具有相似的亲和力。于是解析了CCT-NF-YB/YC和CORE2或者CORE1四元复合物结构，发现CO-NF-YB/YC 可以通过Arg331、Arg338、 Arg340及Arg344与核酸碱基之间形成氢键及电荷相互作用。然后又将这些氨基酸位点进行突变，通过Octet系统发现CCT-NF-YB/YC的亲和力变弱。文中一共做了17对不同DNA和蛋白样品的相互作用分析，斩获当之无愧的“数据最丰富奖”。

 

 

将生物素化DNA固化在SA传感器上，与蛋白复合物进行结合解离，以计算亲和力。

-参考文献-
Structural insights into the multivalent binding of the Arabidopsis FLOWERING LOCUS T promoter by the CO-NF-Y master transcription factor complex.Plant Cell. 2021 Jan 25

 

“最佳实验设计奖”

中国医科院协和医学院/新冠小分子药物研发

新冠病毒RNA所依赖的RNA聚合酶（RdRp）是理想的抗病毒靶点之一。中国医学科学院的研究人员首先通过基于结构的虚拟筛选，筛选出15220个化合物。选择结合最强的50个hits，通过Octet强大的高通量快速分析功能，鉴定了这些化合物与靶点SARS-CoV-2 RdRp的结合活性，并从中挑选结合活性较强的化合物进行体外和细胞学实验分析。研究人员发现Corilagin (RAI-S-37)作为SARS-CoV-2 RdRp的非核苷抑制剂，可直接与RdRp结合，在细胞外和细胞活性检测中均能有效抑制聚合酶活性，抑制SARS-CoV-2感染的EC50值为0.13 μmol/L)。Corilagin具有良好的安全性和药代动力学的数据，使其成为新冠肺炎潜在的治疗药物。

从筛选到验证，Octet高通量高灵敏的特点被发挥的淋漓尽致，妥妥的的“最佳实验设计奖”。
 

Octet筛选与靶点蛋白结合的化合物，用NTA传感器固化SARS-CoV-2 RdRp，

与50个化合进行结合(50uM)，有16个化合物信号大于0.02nm。

随后的多浓度检测进一步筛选出8个具有浓度依赖信号的化合物。

 

在筛选出的8个化合物中，RAI-S-37与SARS-CoV-2 nsp12的亲和力最高，达到0.54uM

 

-参考文献-
Corilagin inhibits SARS-CoV-2 replication by targeting viral RNA-dependent RNA polymerase.Q Li, D Yi, X Lei, J Zhao, Y Zhang, X Cui, X Xiao… - … Pharmaceutica Sinica B, 2021

 

“最佳数据质量奖”

军事医学科学院陈薇院士组/破伤风梭菌疫苗

破伤风梭菌产生的破伤风神经毒素(TeNT)毒性极大，尤其是感染后潜伏期短、发病快，加剧患者的致命风险。开发和设计抗TeNT的中和抗体即是预防和治疗的有效手段之一。

北京生物工程研究所的陈薇院士组从一名免疫了TeNT的C端结构域(TeNT- hc)的健康成人体内，分离了记忆B细胞，并鉴定了一系列单克隆抗体。其中13株抗体可与破伤风类毒素(TT)和TeNT-Hc结合，另两株抗体则只识别TT。T3、T7和T9-6这三株抗体可以完全保护小鼠免受TeNT的感染，T2和T18则可显著延长存活时间。这五个中和抗体识别不同的抗原表位。该研究提供了治疗和预防破伤风神经毒素的有潜力的候选药物。

信号浓度依赖性好，拟合完美，数据质量杠杠滴。
 

AHC传感器固定不同的抗体结合TT，5株中和抗体均具有较强的结合，

亲和力KD在0.123 ~ 11.9 nM之间

-参考文献-
Tetanus vaccine-induced human neutralizing antibodies provide full protection against neurotoxin challenge in mice.G Zhang, R Yu, X Chi, Z Chen, M Hao, P Du… - International …, 2021 - Elsevier

 

“最佳创意奖”
中山大学癌症研究中心/血清阻断实验

 

该项研究工作使用了三种不同大小的纳米颗粒作为疫苗骨架，包括24聚体（Ferritin）、60聚体(mi3)和120聚体蛋白(I53-50)。利用SpyTag-SpyCatcher蛋白组装体系形成的酰胺键，将RBD蛋白（新冠S蛋白受体结合区域）偶联到这三种不同纳米颗粒的表面。通过ELISA和Octet RED96检测，与RBD单体相比，RBD偶联的纳米颗粒能够显著提高与受体ACE2以及中和性抗体CB6（一种可以阻断RBD和ACE2结合的抗体）的亲和力。并且随着纳米颗粒的粒径增加，其结合能力随之增强。小鼠免疫血清可以阻断S蛋白和ACE2和CB6的结合，而且纳米颗粒越大，竞争能力越强。直接拿免疫血清做阻断实验，充分表明Octet对于粗样品的挑战完全不在话下！
 

小鼠免疫血清对S蛋白和ACE2和CB6的结合的阻断实验，RBD固化在SA传感器，

依次检测免疫血清和ACE2或者CB6,然后计算ACE2或者CB6的高度。

-参考文献-
Rapid development of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain self-assembled nanoparticle vaccine candidates.YF Kang, C Sun, Z Zhuang, RY Yuan, Q Zheng, JP Li… - ACS …, 2021 - ACS Publications


 

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